最基本的益生元為碳水化合物，但定義并不排除被用作益生元的非碳水化合物物質。理論上來講，任何可以減少現在有害菌種，而有益于促進健康的菌種或活動的物質都可以叫做益生元。

此定義并沒有側重地強調某一特定的菌種。然而由于雙歧桿菌和乳酸菌被認為對人體有很多有益的影響，所以一般的益生元被假設認為能促進此兩種菌數量的增加或是其活性的增強?？梢源龠M（生成促進）雙歧桿菌的物質被認為為雙歧因子。一些益生元可以作為雙歧因子，反之亦然。但這兩個概念并不相同，見下說明。

一般可以這么認為，益生元給益生菌提供“食物”,能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。大家所熟悉的雙歧因子就是促進腸內雙歧桿菌生長的益生元。而異麥芽低聚糖和低聚果糖是益生元中最為優異的代表。

益生元（Prebiotics）是指不易被消化的食品成分，通過選擇性的刺激一種或幾種細菌的生長與活性而對寄主產生有益的影響，從而改善寄主健康的物質。

益生元主要包括各種寡糖類物質（Oligosaccharides）或稱低聚糖（由2～10個分子單糖組成）。更概括的說法是功能性低聚糖。術語釋意

相關術語

雙歧因子：任何促進雙歧桿菌生長的成份

非消化性聚糖 (NDOs):不能被小腸消化而直接進入大腸的短鏈碳水化合物

認識誤區

所有益生元都是雙歧桿菌促進性的 :

對寄主（人體）有益，并不一定是可以促進雙歧桿菌。對其他菌種的促進同樣可以是有有益效應的。因此益生元不一定有雙歧桿菌促進性。

雙歧因子都屬益生元 :

雙歧因子可以增加小腸或其他情況下（如發酵的乳制品中）的雙歧桿菌數量。當小腸中的雙歧桿菌得到促進時，該雙歧因子可以被認為是益生元，但只有在這種促進是有益于寄主（人體）的前提下。其他狀況下的雙歧因子并不是益生元。

非消化性寡糖（NDOs）都有雙歧桿菌促進性或都是益生元 :

非消化性寡糖可以促進有益菌從而產生有益效應，這種情況下它們可以被認為是益生元。非消化性寡糖同樣可以促進有害菌而產生有害效應（如在乳糖不耐癥中）。NDOs 可以促進雙歧桿菌因而可以被稱為雙歧因子，但并不一定是益生元。 NDOs 也可以對腸菌落無任何作用。

所以，取決于不同種類， NDOs 可能是益生元，雙歧因子，有害的或是無活性的。

定義同樣指出代謝活動的改變可能改善寄主健康。意思是說并沒有明確特定某菌種需要被刺激促進，而是腸菌落的代謝功能作為一個整體的改變。這通常是指碳水化合物發酵的提高和蛋白質降解與發酵的減少。

碳水化合物的發酵一般產生無害或有益的終產物，然而蛋白質發酵則導致潛在的有害物質的生成。(見圖<朦朧雨中人上傳-細菌發酵蛋白質與碳水化合物示意圖。其中劃線物質主要來源于蛋白質發酵。>)。

硫化氫氣體有很強的活性可以對腸產生不良作用。其他氣體如氫氣，二氧化碳和甲烷除可以產生胃脹氣外無其他負作用。短鏈脂肪酸和乳酸鹽對腸菌落（降低 pH 值，使腸環境更酸性化）和腸細胞（需要短鏈脂肪酸作為能量物質）都有有益作用。乙醇可迅速地被其它腸細菌代謝到而對寄主（人體）無作用。支鏈脂肪酸，氨，胺，酚類和吲哚則刺激腸細胞，誘導有機體突變或是在高濃度情況下對對免疫系統產生危害。

這就是為什么需要加強碳水化合物發酵而抑制蛋白質發酵。代謝活動的改變也不一定與有益菌種數量的增加有關。